Согласно легенде город был основан монахиней по имени Пень, которая увидела плывущий по реке Меконг ствол дерева лумбанг, в ветвях которого что-то блестело. Оказалось, что это 4 бронзовые статуи Будды и одна каменная. Как они очутились в реке? Возможно они были смыты из одного из лаосских храмов.
  При содействии Пень рядом с её домом был насыпан большой холм (пном) и установлен алтарь, где разместились изваяния. Впоследствии на этом месте возник монастырь Ват Пном.   
  Пном Пень прежде был известен под названием Krong Caktomuk - "Город на слиянии четырёх рек". Дело в том, что город расположился у слияния рек Меконг, Бассак и Тонлесап, которые образуют букву "Х".
  Каждый год в ноябрьское полнолуние река Тонлесап протекающая через Пном Пень, от озера Тонлесап до Меконга, меняет направление своего течения. В эти дни в городе проводится Фестиваль Воды - Bon Om Tuk что можно перевести как Фестиваль меняющегося течения.   

 Ставший столицей кхмеров в XV веке, город был разрушен тайскими воинами в 1834 году. Но вскоре был восстановлен и вновь обрёл столичный статус уже при французах, в 1866 году. Город процветал в течение французского периода, но с обретением независимости, во второй половине XX века, стал центром кровавой политической борьбы. 17 апреля 1975 года в столицу вошли "красные кхмеры" и обязали всех жителей города покинуть свои дома в течение 72-ух часов. Город обезлюдел. Только в 1979 году, после падения "Демократического режима" люди стали возвращаться в Пном Пень. Постепенно столица стала возвращать себе былое величие. Сегодня это самый большой город страны, центр общественной, культурной и экономической деятельности. 

 "Сердце" Пном Пеня - "старый район", лежащий у берега реки. Колоритные дома и магазинчики с очевидным французским влиянием перемешиваются с величественными зданиями в кхмерском стиле. Наиболее интересными местами здесь считаются комплекс Королевского Дворца (1866г, перестроен в 1913г) с Тронным залом, павильонами Слона и Чан-Чайя, Королевским Казначейством и ажурным павильоном Наполеона III. В настоящее время Дворец является действующей резиденцией королевской семьи.

Сисоват-Квай - небольшая площадь перед Королевским Дворцом. Место для публичного выступления монархов и  любимое место  отдыха столичных жителей.

 Среди памятников культуры так же известны: монастырь Пномпеня со ступой (XV в.)

и, знаменитая на весь мир, "Серебряная пагода" Пре-Вихер-Кео-Моракот - Храм Алмазного Будды. Своё название  она получила из-за 5329 серебряных плиток, которыми покрыт пол первого этажа. А так же здесь покоится  золотая статуя Будды, украшенная 9584 бриллиантами. 
Настоящим памятником кхмерской архитектуры считается храм Ват Пном  - "Храмовая гора".
Она лежит на единственном холме в округе, между озером Боенг-Как и рекой Меконг. Примечание: при посещении религиозных объектов, особенно "Серебренной Пагоды" в Пномпене, мужчины должны быть в брюках, женщины в длинных юбках, шорты не допускаются. При входе в храмы следует снимать обувь.

  Национальный музей - одно из немногих мест в Камбодже, где можно увидеть чудом сохранившуюся многовековую кхмерскую культуру. Здесь собраны интересная историческая и этнографическая коллекция, а так же множество образцов традиционных кхмерских ремёсел. Экспозиция музея содержит внушительное количество древних реликвий, предметов искусства и скульптуры начиная с 6 столетия и до наших дней. 

  Сильное впечатление у гостей города оставляет Музей геноцида Туол Сленг, открытый в здании "Секретной тюрьмы S-21" режима Пол Пота. Страшные свидетельства режима "красных кхмеров" собраны здесь как предостереженеи будущим поколениям. Этой же цели служит ступа на "Полях Смерти" Чоенг-Ек, наполненная костями жертв режима, которые были обнаружены в местах общего захоронения.